如何将TCGA的ENSG编号转换成gene symbol

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TCGA的ENSG编号转换成gene symbol

TCGA 数据库中的基因编号采用的Esembl 的编号，但是有些分析软件，需要输入的基因编号是 gene symbol ，这就需要将Esemble 的ID 转换成gene symbol 。
采用clusterProfiler 进行转换：

# 加载相关软件包> library(clusterProfiler)> library(org.Hs.eg.db)# org.Hs.eg.db 包提供的ID转换类型> keytypes(org.Hs.eg.db) [1] "ACCNUM"       "ALIAS"        "ENSEMBL"      "ENSEMBLPROT"  "ENSEMBLTRANS" "ENTREZID"     "ENZYME"       "EVIDENCE"     "EVIDENCEALL" [10] "GENENAME"     "GO"           "GOALL"        "IPI"          "MAP"          "OMIM"         "ONTOLOGY"     "ONTOLOGYALL"  "PATH"        [19] "PFAM"         "PMID"         "PROSITE"      "REFSEQ"       "SYMBOL"       "UCSCKG"       "UNIGENE"      "UNIPROT"     # 测试ID> test_id <- c("ENSG00000000971", "ENSG00000001084", "ENSG00000001460", "ENSG00000001461", "ENSG00000001626", "ENSG00000001630") # 采用bitr 命令进行ID的转换> gene_ids <- bitr(test_id, fromType="ENSEMBL", toType=c("SYMBOL", "GENENAME"), OrgDb="org.Hs.eg.db")'select()' returned 1:1 mapping between keys and columns# 查看转换的结果> gene_ids          ENSEMBL  SYMBOL                                            GENENAME1 ENSG00000000971     CFH                                 complement factor H2 ENSG00000001084    GCLC         glutamate-cysteine ligase catalytic subunit3 ENSG00000001460   STPG1              sperm tail PG-rich repeat containing 14 ENSG00000001461  NIPAL3                       NIPA like domain containing 35 ENSG00000001626    CFTR cystic fibrosis transmembrane conductance regulator6 ENSG00000001630 CYP51A1      cytochrome P450 family 51 subfamily A member 1

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