vcftools过滤如何指定缺失率的变异位点

这篇文章主要介绍"vcftools过滤如何指定缺失率的变异位点"，在日常操作中，相信很多人在vcftools过滤如何指定缺失率的变异位点问题上存在疑惑，小编查阅了各式资料，整理出简单好用的操作方法，希望对大家解答"vcftools过滤如何指定缺失率的变异位点"的疑惑有所帮助！接下来，请跟着小编一起来学习吧！

vcf 文件中很多snp在某些样品中是缺失的，也就是基因型为 "./." 。如果缺失率较高，这种snp位点在很多分析中是不能用的，需要去掉。这时候就可以使用vcftools进行过滤。用到的选项为--max-missing 。

具体用法如下：

运行以下命令：

vcftools  --vcf snp.vcf  --recode --recode-INFO-all --stdout  --max-missing 1 > snp.new.vcf

--max-missing 后跟的值为 0-1 ，1代表不允许缺失，0代表允许全部缺失

最后，得到的vcf文件中snp位点都是没有缺失的。

到此，关于"vcftools过滤如何指定缺失率的变异位点"的学习就结束了，希望能够解决大家的疑惑。理论与实践的搭配能更好的帮助大家学习，快去试试吧！若想继续学习更多相关知识，请继续关注网站，小编会继续努力为大家带来更多实用的文章！