如何提取bam/sam文件指定区域reads

小编给大家分享一下如何提取bam/sam文件指定区域reads，相信大部分人都还不怎么了解，因此分享这篇文章给大家参考一下，希望大家阅读完这篇文章后大有收获，下面让我们一起去了解一下吧！

若想要从sam或bam文件中提取指定区域内的reads，可以使用samtools和bedtools来实现。

首先准备一个区域信息文件。region.bed #第一列为染色体ID，第二三列分别为起始终止位置

例： 12 21100 41200 #取12号染色体21100-41200区间的序列

之后如果是sam文件,先转成bam文件：

samtools view -Sb reads.sam > reads.bam

然后就可以使用bedtools来提取reads啦，命令如下：

bedtools intersect -a reads.bam -b region.bed > target_reads.bam

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