OncoKB数据库有什么用

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OncoKB收集了肿瘤发生发展相关的，具有临床意义的基因组变异信息，对于每个变异，提供了其对应的生物学效应，药物互作，预后和治疗意义等详细信息。

数据库的网址如下

http://oncokb.org/

该数据库以基因为中心，提供了每个基因上的变异，相关肿瘤类型，实验证据等信息，示意如下

根据实验证据的来源和可信度，划分为下图所示的不同等级

其中level1和level 2A是具有临床意义的基因组变异，通过Actionable Genes菜单，可以查询基因组变异与药物的互作信息，示意如下

点击每个基因ID, 可以查看该基因上所有的基因组变异，分为两类

1. Clinically Relevant Alterations

2. All Annotated Alterations

   
   

以ABL1为例，示意如下

通过Cacner Genes菜单，可以查询肿瘤原癌基因和抑癌基因的列表，示意如下

除了查询功能外，该数据库还提供了命令行工具，用于注释自己的基因组变异信息，支持SNV, CNV, 融合基因等信息的注释，该工具名为oncokb-annotator, 网址如下

https://github.com/oncokb/oncokb-annotator

该数据库中的信息已经被整合到了cBioPortal中，可以帮助科学家们更好的开展肿瘤研究。

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