Hi-C Data Browser浏览器的示例分析

小编给大家分享一下Hi-C Data Browser浏览器的示例分析，相信大部分人都还不怎么了解，因此分享这篇文章给大家参考一下，希望大家阅读完这篇文章后大有收获，下面让我们一起去了解一下吧！

Lieberman-Aiden等人利用Hi-C技术研究了人淋巴母细胞的三维结构，首次提出了A/B compartment的概念。

pubmed的链接如下

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2858594/

对于该文章中涉及到的hi-c数据，专门开发了一个网站用于检索和查看，网址如下

http://hic.umassmed.edu/heatmap/heatmap.php

通过顶部下拉框，选择不同的数据库进行查看，示意如下

cell line用于选择细胞系，提供了K562和GM06690两种细胞系的数据，x-axis和y-axis用于选择需要展示的染色体名称，Resolution指定分辨率，Data Type指定数据类型，是归一化之后的数据还是原始数据，或者是相关性的结果，Color Range指定颜色的映射范围，选择好数据之后，点击View窗口可以查看某两条染色体间的相互作用图谱。

通过这个功能，可以方便的比较不同观测值的hi-c图谱情况，1号染色质内部的互作图谱示意如下

通过鼠标左键单击，选中某个交互矩阵的单元格，在右侧界面可以查看对应的两个bin之间的详细信息，示意如下

也可以鼠标左键拖出一个矩形区域，通过zoom放大后进行查看, 或者输入基因组区域进行放大， 示意如下

放大之后的效果如下所示

对应的交互矩阵可以通过Download按钮进行下载，通过该网站，可以对文章中的hi-c数据进行详细探究。

以上是"Hi-C Data Browser浏览器的示例分析"这篇文章的所有内容，感谢各位的阅读！相信大家都有了一定的了解，希望分享的内容对大家有所帮助，如果还想学习更多知识，欢迎关注行业资讯频道！