fastANI怎么用

在比较基因组分析中，我们经常需要分析不同基因组之间的进化关系，例如我们可以使用标记蛋白来构建系统发育树。为了进行定量的比较，我们还可以计算不同基因组之间的相似性或者进化距离，以进行物种分类、亲缘关系比较等。平均核苷酸相似度（Average Nucleotide Identity，ANI）是在核苷酸水平比较两个基因组亲缘关系的指标。ANI被定义为两个微生物基因组同源片段之间平均的碱基相似度，他的特点是在近缘物种之间有较高的区分度。

fastANI -q genome1.fa -r genome2.fa -o output.txtfastANI -q genome1.fa --rl genome_list.txt -o output.txt-r, --ref：参考基因组核苷酸序列，可以试fasta/fastq及其gzip压缩文件--rl, --refList：包含参考基因组列表的文件，从而允许多个参考基因组-q, --query：查询基因组核苷酸序列，可以试fasta/fastq及其gzip压缩文件--ql, --queryList：包含查询基因组列表的文件，从而允许多个查询基因组-k, --kmer：比对的kmer大小，不能大于16，默认为16-t, --threads：程序运行所使用的核数，默认为1--fragLen：片段长度，默认为3000--minFrag：最短匹配的片段，默认为50--visualize：输出比对图像，只适用于一对一比对，默认关闭--matrix：输出ANI值作为下三角矩阵，适用于多对多比对，默认关闭-o, --output：输出文件名

fastANI -q 951_armatimo.fasta -r 391_armatimo.fasta -o output1.txt --fragLen 1000

fastANI --ql Armatimonadetes.txt --rl Armatimonadetes.txt -o output2.txt --fragLen 1000 -t 10 --matrix