如何使用Dockerfile制作生物信息分析基础镜像

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使用 Dockerfile 定制镜像

Dockerfile 是一个文本文件，其内包含了一条条的 指令(Instruction)，每一条指令构建一层，因此每一条指令的内容，就是描述该层应当如何构建。

还以之前定制 centos7 镜像为例，这次我们使用 Dockerfile 来定制。

在一个空白目录中，建立一个文本文件，并命名为 Dockerfile：

$ mkdir mydocker$ cd mydocker$ touch Dockerfile

其内容为：

# Base imageFROM centos:centos7################## METADATA ######################LABEL base.image="centos:7" \      version="1" \      software="Biocontainers base Image" \      software.version="20200312" \      about.summary="Base image for " \      about.home="www..com" \      about.documentation=" " \      license="  " \      about.tags="Genomics,Proteomics,Transcriptomics,General,Metabolomics"################## MAINTAINER ######################MAINTAINER huangls #COPY Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh /tmp/miniconda.sh#ENV LANG=C.UTF-8 LC_ALL=C.UTF-8ENV PATH /biosoft/miniconda/bin:$PATHRUN yum -y update && yum upgrade -y \    && yum -y install  bzip2 openssl openssh-clients\                cmake zlib  libpng libpng12 libtiff  libjpeg boost \                wget   zip    which  less  tree \    && yum clean all \        && mkdir -p  /biosoft/miniconda  \        && wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -O /tmp/miniconda.sh \    && bash /tmp/miniconda.sh -bfp /biosoft/miniconda \    && rm -rf /tmp/miniconda.sh \        && ln -s /biosoft/miniconda/etc/profile.d/conda.sh /etc/profile.d/conda.sh  \    && echo ". /biosoft/miniconda/etc/profile.d/conda.sh" >> ~/.bashrc  \        && echo "alias e=\"less -S \"" >> ~/.bashrc \        && echo "alias ee=\"less -SN \"" >> ~/.bashrc \        && echo "alias l=\"ls -lhtr"\" >> ~/.bashrc \        && echo "alias ll=\"ls -lh\"" >> ~/.bashrc \        && echo "export PS1=\"\[\e[32m\][\[\e[35m\]\u\[\e[m\]@\[\e[36m\]\h \[\e[31m\] \t \w\[\e[32m\]]\[\e[36m\]#\[\e[m\]\"" >> ~/.bashrc \        #&& conda config --add channels bioconda \        #&& conda config --add channels conda-forge \        #&& conda config --add channels genomedk \        && conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/  \        && conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r/  \        && conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/mro/  \        && conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/  \        && conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/  \        && conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/  \        && conda config --set show_channel_urls yes \        && conda config --set ssl_verify no \        && conda clean --all --yes #RUN    conda update conda -y  && conda upgrade conda -y \             VOLUME ["/work"]# Overwrite this with 'CMD []' in a dependent DockerfileCMD ["/bin/bash"]WORKDIR /work执行

执行得到镜像

$ docker build -t /biocontainer-base:latest .Sending build context to Docker daemon 2.048 kB...

FROM 指定基础镜像

所谓定制镜像，那一定是以一个镜像为基础，在其上进行定制。就像我们之前运行了一个 nginx 镜像的容器，再进行修改一样，基础镜像是必须指定的。而 FROM 就是指定 基础镜像，因此一个 Dockerfile 中 FROM 是必备的指令，并且必须是第一条指令。

RUN 执行命令

RUN 指令是用来执行命令行命令的。由于命令行的强大能力，RUN 指令在定制镜像时是最常用的指令之一。

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