R语言的enrichGSEA_pip.r怎么用

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enrichGSEA_pip.R GSEA富集分析

使用说明：

$Rscript $scriptdir/enrichGSEA_pip.r -husage: /work/my_stad_immu/scripts/enrichGSEA_pip.r [-h] -a all.deg.file -g                                                   gmtfile [-p pvalueCutoff]                                                   [-t pvalueCutoff]                                                   [-n prefix] [-o outdir]                                                   [-H height] [-W width]GSEA enrich analysis :https://www..com/article/1504optional arguments:  -h, --help            show this help message and exit  -a all.deg.file, --all.deg.file all.deg.file                        all diff express gene list file,must include log2FC                        column, required  -g gmtfile, --gmtfile gmtfile                        GSEA gmtfile function class file, required  -p pvalueCutoff, --pvalueCutoff pvalueCutoff                        pvalue cutoff on enrichment tests to report,                        [optional, default: 0.1 ]  -t top, --top top                        top NES for barplot [optional, default:10 ]  -n prefix, --prefix prefix                        the output file prefix [optional, default: GSEA ]  -o outdir, --outdir outdir                        output file directory [default cwd]  -H height, --height height                        the height of pic inches [default 5]  -W width, --width width                        the width of pic inches [default 5]

参数说明：

-a 输入差异基因分析所以的结果； 必须含有log2FC这列差异倍数信息，用于GSEA排序；

-g 指定 gmt文件 基因集： 更多GSEA功能富集数据下载：http://software.broadinstitute.org/gsea/downloads.jsp#msigdb

使用举例：

#更多GSEA功能富集数据下载：http://software.broadinstitute.org/gsea/downloads.jsp#msigdbwget -c https://data.broadinstitute.org/gsea-msigdb/msigdb/release/7.4/c2.cp.kegg.v7.4.symbols.gmtRscript $scriptdir/enrichGSEA_pip.r   --all.deg.file $workdir/04.deg/S1_vs_S2.all.tsv \  --gmtfile  c2.cp.kegg.v7.4.symbols.gmt -o GSEA -n S1_vs_S2_KEGG -p 0.05

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