怎么从TCGA数据库中下载指定类型样本的数据

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其实可以用TCGAbiolinks 软件包中的GDCquery 函数，指定sample.type 去筛选样本。

比如：需要下载实体瘤组织的样本，那么指定sample.type 为 "Primary solid Tumor"即可：

query <- GDCquery(project = "TCGA-LGG",                       legacy = TRUE,                      data.category = "Gene expression",                      data.type = "Gene expression quantification",                      platform = "Illumina HiSeq",                       file.type = "results",                      experimental.strategy = "RNA-Seq",                      sample.type = "Primary solid Tumor")

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