Cistrome DB数据库有什么用
这篇文章主要介绍了Cistrome DB数据库有什么用，具有一定借鉴价值，感兴趣的朋友可以参考下，希望大家阅读完这篇文章之后大有收获，下面让小编带着大家一起了解一下。
Cistrome的目标是提供一个基因组顺式作用元件分析的综合性数据库，通过收集来自GEO,ENCODE等公共数据库中的chip_seq, DNase_seq, ATAC_seq 原始数据，采用统一的分析方法，用bwa比对参考基因组，然后采用macs2进行peak calling, 将分析的结果加以整合，做成了在线数据库，整个数据库的构建过程和功能模块示意如下
网址如下
http://cistrome.org/db/
该数据库中收录的人和小鼠的相关数据汇总如下
从数量来看，cistrome可以说的上是收录的chip类型最多的数据库了。
通过首页的检索工具，我们可以查看特定数据分析结果，可以通过关键词检索，也可以通过物种，来源，因子类型一步步限定搜索范围，示意如下
在检索结果中勾选感兴趣的数据集，可以查看详细信息，以一个CTCF转录因子的chip数据为例，结果包含以下几个部分
1. QC report
数据的QC情况，包括unique mapping比例，PBC, FRiP, peak在exon等基因组区域的分布比例等，示意如下
2. motif
motif分析结果，示意如下
点击每个motif的编号，可以查看详细信息，示意如下
3. putative target gene
潜在的靶基因，示意如下
同时还可以在基因组浏览器中查看数据的分布，也可以下载分析的结果文件，示意如下
ToolKit菜单则提供了更加丰富的分析工具，具体如下
输入基因名称， 查看有哪些转录因子可能调控该基因
输入基因组区域，查看有哪些转录因子可能结合在该区域
输入peak结果，查看哪些转录因子的结果与你的输入结果有明显的overlap,可以用于转录因子的colocation分析
以第一个功能为例，输入基因，确定TSS上下游的范围作为潜在的调控区域，然后提交运行即可
除了table格式的结果外，还提供了图片形式的结果展现，示意如下
感谢你能够认真阅读完这篇文章，希望小编分享的"Cistrome DB数据库有什么用"这篇文章对大家有帮助，同时也希望大家多多支持，关注行业资讯频道，更多相关知识等着你来学习!
