Dfam数据库有什么用

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Transposable elements 转座元件占真核生物基因组很大一部分，对转座元件的精确注释有助于研究其生物学特性，揭示基因组的进化过程。

Dfam数据库对多个真核生物的转座元件进行多序列比对，构建了转座元件的家族信息。官网如下

http://www.dfam.org/

目前最新版本为Dfam 2.0, 对于每个家族，以DF编号唯一标识，示意图如下

Dfam同时还提供了一个隐马尔可夫模型，可以用于序列比对，下载地址如下

http://www.dfam.org/web_download/Release/Dfam_2.0/

和Dfam类似，还有一个Dfam Consensus 数据库，该数据库对基因组上的重复序列进行了详细分类，链接如下

http://www.dfam-consensus.org/#/public/te_classes/

Low_Complexity代表低复杂度序列，指的是富含某些碱基，比如富含AT的序列；Tandem_Repeat代表串联重复序列，motif长度为2-10bp的串联重复序列称为Simple_Repeat, 也叫做简单串联重复序列或者为微卫星序列，motif长度在几百bp左右的串联重复序列，叫做Satellite, 卫星DNA序列。

Interspersed_Repeat代表散落在基因组多个地方的重复序列，比如转座子，假基因等序列。

RepeatMasker会利用这个数据库的数据去分析基因组上的重复序列。该数据库提供了重复元件的序列信息，可以下载。

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