KEGG数据库pathway相关数据如何下载

今天小编给大家分享一下KEGG数据库pathway相关数据如何下载的相关知识点，内容详细，逻辑清晰，相信大部分人都还太了解这方面的知识，所以分享这篇文章给大家参考一下，希望大家阅读完这篇文章后有所收获，下面我们一起来了解一下吧。

我们下载KEGG数据库的目的是为了研究目标蛋白参与了那些pathway 。 前面我们介绍了KEGG 数据库中蛋白序列的下载方式，现在来介绍一下patyway 相关数据的下载方式。这个主要采用KEGG 的API 进行获取，思路如下：

1. KEGG 有那些pathway ?

访问的API地址是：

http://rest.kegg.jp/list/pathway

通过该API ，可以获得所有pathway的列表。

2. pathway 上有那些KO （KEGG 中的ID编号）

访问的API地址是：

http://rest.kegg.jp/link/ko/map00010

其中map00010 就是对于的pathway 图的编号，通过遍历所有的pathway ,就可以kegg 数据库中跟pathway 相关KO。

3. KO 对应的蛋白编号是哪个？

访问API地址：

http://rest.kegg.jp/link/genes/K00500

其中K00500 就是我们在第二步中获得的KO， 通过遍历所有的KO，就可以获得在KO在不同物种中的基因（蛋白）编号。

通过这3个步骤，我们就可以获得了从蛋白到pathway, 相关的对应信息，通过该注释，我们就可以多不同物种的基因进行pathway 分析。

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