建立refFlat.txt文件有问题怎么解决

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统计基因区域覆盖比例命令：

/share/work/biosoft/java/jre1.8.0_73/bin/java -jar /share/work/biosoft/picard/picard-tools-2.1.0/picard.jar CollectRnaSeqMetrics REF_FLAT=/share/work/database/ref/Saccharomyces_cerevisiae/Yeastgenome/refFlat.txt INPUT=/share/nas1/renzx/project/zx-20211019-394-1_ref_15jiaomu/ano/2.hisat2_stringtie/1.Mapping/3ts-30min/3ts-30min.bam OUTPUT=/share/nas1/renzx/project/zx-20211019-394-1_ref_15jiaomu/ano/2.hisat2_stringtie/2.Map_stat/3ts-30min.map_base.stat CHART_OUTPUT=/share/nas1/renzx/project/zx-20211019-394-1_ref_15jiaomu/ano/2.hisat2_stringtie/2.Map_stat/3ts-30min.Normalized_Distance_Along_Transcript.pdf STRAND_SPECIFICITY=NONE VALIDATION_STRINGENCY=LENIENT

refFlat.txt 文件行数过少导致出错：

查看原因：

生成该文件报错，导致生成的基因区域过少

gtfToGenePred -genePredExt saccharomyces_cerevisiae.gtf refFlat.tmp.txtno exons defined for group HRA1, feature noncoding_exon (perhaps try -ignoreGroupsWithoutExons)

改进：

gtfToGenePred -genePredExt -ignoreGroupsWithoutExons saccharomyces_cerevisiae.gtf refFlat.tmp.txt

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