DESeq2如何使用

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deseq_analysis.r 差异基因分析DESeq2

使用方法:

$Rscript $scriptdir/deseq_analysis.r -husage: /work/my_stad_immu/scripts/deseq_analysis.r [-h] -i filepath -m                                                   filepath -t treatname                                                   --control CONTROL --case                                                   CASE [-f fdr] [-c fc]                                                   [-s size] [-a alpha]                                                   [-X x.lab] [-Y y.lab]                                                   [-T title] [-H height]                                                   [-W width] [-o path]                                                   [-p prefix]DESeq2 analysis : https://www..com/article/1500optional arguments:  -h, --help            show this help message and exit  -i filepath, --input filepath                        input read count file [required]  -m filepath, --metadata filepath                        metadata file , required  -t treatname, --treatname treatname                        treat colname in group file, required  --control CONTROL     set control group name required  --case CASE           set case group name required  -f fdr, --fdr fdr     set fdr threshold [default 0.05]  -c fc, --fc fc        set fold change threshold [default 2]  -s size, --size size  point size [optional, default: 0.7]  -a alpha, --alpha alpha                        point transparency [0-1] [optional, default: 1]  -X x.lab, --x.lab x.lab                        the label for x axis [optional, default: log2FC]  -Y y.lab, --y.lab y.lab                        the label for y axis [optional, default: -log10(FDR)]  -T title, --title title                        the label for main title [optional, default: Volcano]  -H height, --height height                        the height of pic inches [default 5]  -W width, --width width                        the width of pic inches [default 5]  -o path, --outdir path                        output file directory [default                        /work/my_stad_immu/05.enrich]  -p prefix, --prefix prefix                        out file name prefix [default Volcano]

参数说明：

-i 输入基因表达矩阵文件，必须为count表达文件：

-k 输入基因表达矩阵文件，为fpkm 或者 tpm文件 用于相关性分析：

-m metadata文件路径,样本的分组信息，第一列必须和表达文件的样本名称对应：

-t subtype.hclust --case S1 --control S2 ： 指定metadata 分组列名，分组里面的比较组名字 ，如果分组名字有空格，应该用引号引起来： "Stage IA"

--fdr 0.01 --fc 2 设置差异基因的筛选条件： 显著性和差异倍数

使用举例：

Rscript $scriptdir/deseq_analysis.r  -i ../01.TCGA_download/TCGA-STAD_gene_expression_Counts.tsv \  -k ../01.TCGA_download/TCGA-STAD_gene_expression_TPM.tsv --fdr 0.01 --fc 2 \  -m ../03.TIME/metadata.group.tsv -t subtype.hclust   --case S1 --control  S2 -p S1_vs_S2

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