R语言的ppi_network.r怎么用

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ppi_network.r 蛋白互作网络分析

使用说明：

$ Rscript $scriptdir/ppi_network.r -husage: /work/my_stad_immu/scripts/ppi_network.r [-h] -g gene.list [-s ann.db]                                                [-t score_threshold]                                                [-v version] [-p prefix]                                                [-o outdir] [-H height]                                                [-W width]GO enrich analysisoptional arguments:  -h, --help            show this help message and exit  -g gene.list, --gene.list gene.list                        diff expressed gene list file, required  -s ann.db, --species ann.db                        NCBI taxonomy identifiers of the organism (e.g. 9606                        for Human, 10090 for mouse). default 9606  -t score_threshold, --score_threshold score_threshold                        a threshold for the combined scores of the                        interactions, such that any interaction below that                        threshold is not loaded in the network (by default the                        score threshold is set to 700)  -v version, --version version                        define the STRING version to be used [optional,                        default: 11 ]  -p prefix, --prefix prefix                        the output file prefix [optional, default: PPI ]  -o outdir, --outdir outdir                        output file directory [default cwd]  -H height, --height height                        the height of pic inches [default 10]  -W width, --width width                        the width of pic inches [default 10]

参数说明：

-g 指定基因列表文件为SYMBOL ID ：读取文件的第一列为ID列表：STRING数据库获取网络；

使用举例：

Rscript $scriptdir/ppi_network.r -g ../04.deg/S1_vs_S2.DEG.final.tsv -p S1_vs_S2

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