linux中fastq文件如何查看指定序列

这篇文章给大家分享的是有关linux中fastq文件如何查看指定序列的内容。小编觉得挺实用的，因此分享给大家做个参考，一起跟随小编过来看看吧。

在处理fastq文件时，可能会遇到序列与质量值长度不一致或格式不正确等问题，这时候软件会报告哪条序列有问题，并给出序列ID，然后我们就要去查看这条序列是什么问题。但是，fastq文件通常是很大的，使用less命令可能很难搜索到，这时候我们可以用到下面的命令来查看。

zcat /share/nas1/DATA/zx-20180122-15/XM8_H33TNDMXX_L1_2.clean.fq.gz |grep -E "A00164:71:H33TNDMXX:2:2438:30400:20353" -C 4 >xm8-2.txt &

其中zcat可以查看fastq压缩文件，grep 匹配序列ID，参数 -C 4 可以输出匹配行的前后四行。

感谢各位的阅读！关于"linux中fastq文件如何查看指定序列"这篇文章就分享到这里了，希望以上内容可以对大家有一定的帮助，让大家可以学到更多知识，如果觉得文章不错，可以把它分享出去让更多的人看到吧！