eggnog-mapper软件的安装配置方法

数据库文件下载链接

http://eggnogdb.embl.de/download/emapperdb-5.0.0/eggnog.db.gz http://eggnogdb.embl.de/download/emapperdb-5.0.0/eggnog_proteins.dmnd.gz

将数据库文件下载到data文件夹下

这次使用wget命令成功下载，试着运行软件自带数据成功

python emapper.py -i test/test_queries.fa --output out -m diamond --cpu 8

这个软件是python2版本的，使用之前我先创建了一个python2的虚拟环境

conda create -n emapper python=2.7
conda activate emapper

以上是使用diamond做注释，这个软件还可以使用hmmer做注释，印象里好像还得配置hmmer的数据库。而且这个数据库文件非常大，而且数据库文件有好几个，这里我先不尝试了。

同时这个软件还有一个在线版 http://eggnogdb.embl.de/#/app/emapper

在线版运行也很快，我之前试过两万多条蛋白序列，基本上一个晚上就能得到结果

软件的详细介绍

https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/83144768