怎么用Python对gff3格式进行处理

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1.平常从下载的植物基因组注释文件，以gff3格式为例

从JGI上下载的玉米基因组的注释文件（gff3格式），第一例通常为基因的定位信息。1则表示位于玉米的1号染色体上，第二例表示注释的版本信息，第三列通常为gene，mRNA，CDS等信息，同时一个基因可能对应多个mRNA，对生物有些了解的也知道，一个mRNA即是一个转录信息， 这个和注释过后的序列文件也是一一对应的。第四列和第五列分别为基因的第三列信息在染色体上的物理位置。第七列则表示基因位于正链上还是负链上。第八列是相位信息。第九列则是基因注释的一些ID信息。而本次数据处理主要是提取第一列、第三列、第四列、第五列和第九列的信息。

2.利用程序处理后的结果

处理后的格式一共有五列，第一列为基因所在的染色体上，第二列是利用gene的起始位点和终止位点进行排序的逻辑顺序而生成的新的ID信息，第三列和第四列就是基因的起始位点和终止位点了。第五列就是从原始的注释信息第九列提取出来的，必须个序列文件一一对应才行。下面直接上代码。

3.代码信息

#!usr/bin/pythonimport re,iofrom operator import itemgetterinput_file = io.open('Zmays_284_Ensembl-18_2010-01-MaizeSequence.gene.gff3','r',encoding='UTF-8')# 基因的注释信息,GFF3格式的文件out_file = open('Zm.newid.gff', 'w', encoding='UTF-8')# 输出文件的名字list_two = []chr_name = []de_list = ('#','M','P','s') # 需要修改for line in input_file:    if line.startswith(de_list):        continue    list_one = line.strip().split()    if list_one[2] == 'mRNA':        # gene_id = list_one[8].split(';')[2] # 需要修改        gene_id = list_one[8]        gene_id = ''.join(re.findall(r'pacid=(.+?);longest',gene_id)) # 需要修改                # 获取gene的id信息        list_one[0] = re.sub(r'\D',"",list_one[0])        # list_two.append(gene_na_st_end)        list_two.append((int(list_one[0]), int(list_one[3]), int(list_one[4]), int(gene_id)))        chr_name.append(int(list_one[0]))        # print (gene_id)    else:        continuechr_name = list(set(chr_name))chr_name.sort()number = 0list_thrre = sorted(list_two,key = itemgetter(0,1,2))next_chr = 0for i in list_thrre:    new_i = "\t".join('%s' %id for id in i)    # print (new_i)    lp = str(new_i).strip().split()    # chr_id = re.sub('\[',"",lp[0])    if str(lp[0])== str(chr_name[next_chr]):        number = number + 1    else:        number = 1        next_chr = next_chr + 1    # newid = "Zm"+''%lp[0]+'G'+''%number    newid = "Zm"+str(lp[0]).zfill(2)+"G"+str(number).zfill(5) # 需要修改     print (newid)    out_file.write('Zm'+str(lp[0])+"\t"+newid+"\t"+str(lp[1])+"\t"+str(lp[2])+"\t"+str(lp[3])+'\n')input_file.close()# make by ligaojie from North China University of Technology

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