R语言的immune_bar_plot.r如何使用

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immune_bar_plot.r 免疫侵润分析bar绘图

使用方法：

$ Rscript  immune_bar_plot.r  -husage: immune_bar_plot.r [-h] -i filepath [-t title]                                                  [-a xlab] [-b ylab]                                                  [-m metadata]                                                  [-g group [group ...]] [-x]                                                  [-o outdir] [-n prefix]                                                  [-H height] [-W width]immune bar plotoptional arguments:  -h, --help            show this help message and exit  -i filepath, --input filepath                        input the immune martix [required]  -t title, --title title                        input legend tittle name [default cell type]  -a xlab, --xlab xlab  input xlab [default sample]  -b ylab, --ylab ylab  input ylab [default fraction]  -m metadata, --metadata metadata                        input metadata file [default NULL]  -g group [group ...], --group group [group ...]                        name of group order [default NULL]  -x, --no.xaxis        not show x axis sample name [default False]  -o outdir, --outdir outdir                        output file directory [default cwd]  -n prefix, --name prefix                        out file name prefix [default demo]  -H height, --height height                        the height of pic inches [default 7]  -W width, --width width                        the width of pic inches [default 12]

参数说明：

使用举例：

#绘制免疫侵润柱状图Rscript $scriptdir/immune_bar_plot.r -i immu/cibersort.res.tsv -n cibersort.bar \-o immu --ylab fraction  --no.xaxis#按照分组进行排序Rscript $scriptdir/immune_bar_plot.r -i immu/cibersort.res.tsv -n cibersort.bar.g \-m metadata.group.tsv -g subtype.hclust -o immu --ylab fraction  --no.xaxis

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