bedtools如何批量提取基因组指定位置序列

小编给大家分享一下bedtools如何批量提取基因组指定位置序列，相信大部分人都还不怎么了解，因此分享这篇文章给大家参考一下，希望大家阅读完这篇文章后大有收获，下面让我们一起去了解一下吧！

用到软件是bedtools，具体方法如下：

Usage:   bedtools getfasta [OPTIONS] -fi  -bed Options:        -fi     Input FASTA file        -bed    BED/GFF/VCF file of ranges to extract from -fi        -name   Use the name field for the FASTA header        -split  given BED12 fmt., extract and concatenate the sequencesfrom the BED "blocks" (e.g., exons)        -tab    Write output in TAB delimited format.                - Default is FASTA format.        -s      Force strandedness. If the feature occupies the antisense,                strand, the sequence will be reverse complemented.                - By default, strand information is ignored.        -fullHeader     Use full fasta header.                - By default, only the word before the first space or tab is used.

其中-fi 指定基因组fasta文件，-bed 指定要提取序列的位置文件，可以是bed、gff 或 vcf 文件（染色体碱基位置从0开始计数）。

-tab 指定输出格式。

$bedtools getfasta -fi GCA_001651475.1_Ler_Assembly_genomic.fna -bed id.bed>CM004359.1:0-10gtttagggtt>CM004359.1:100-200ttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggttt>CM004359.1:1000-1050TTGTGGgaaaattatttagttgtaGGGATGAAGTCTTTCTTCGTTGTTGT$bedtools getfasta -fi GCA_001651475.1_Ler_Assembly_genomic.fna -bed id.bed -tabCM004359.1:0-10 gtttagggttCM004359.1:100-200      ttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttCM004359.1:1000-1050    TTGTGGgaaaattatttagttgtaGGGATGAAGTCTTTCTTCGTTGTTGT

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