基于perl怎么提取基因家族内的串联重复基因对

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基于MCScanX串联重复分析结果中的tandem文件，提取属于特定基因家族内的串联重复基因对。

脚本文件名

get_tandem_gene.pl ，运行命令为：

perl get_tandem_gene.pl  -id hqs.id  -tandem ganlan.tandem  -name hqs -od ./

命令解释：

get_tandem_gene.pl脚本文件名，最后写明全路径

-id 输入基因家族基因id，文件格式如下：

Bol014029Bol014986Bol021982Bol023208Bol005493Bol008082Bol021317Bol021325Bol033054Bol033162

-tandem 输入MCScan的串联重复结果文件tandem( , 分隔），文件格式如下：

Bol004372,Bol004373Bol004375,Bol004376Bol004405,Bol004406Bol004463,Bol004462Bol004492,Bol004491Bol004611,Bol004612Bol004624,Bol004625Bol004632,Bol004633Bol004672,Bol004673Bol004680,Bol004681

-name 输出文件名前缀

-od 输出路径

输出文件格式如下（\t 分隔）：

Bol026623       Bol026622Bol038386       Bol038387Bol044343       Bol044344

全部perl 脚本内容如下：

use Data::Dumper;use Getopt::Long;use strict;use Cwd qw(abs_path getcwd);my %opts;GetOptions (\%opts,"id=s","tandem=s","od=s","name=s"); my $od=$opts{od};$od||=getcwd;$od=abs_path($od);unless(-d $od){    mkdir $od;}my $gene;my @info;my %hashG;open (IN,"$opts{id}") || die "open $opts{id} failed\n";while(){    chomp;    @info=split(/\s+/,$_);    $gene=$info[0];    $hashG{$gene}=$gene;}close(IN);my $Agene;my $Bgene;open(OUT,">$od/$opts{name}.tandem")||die "open $od/$opts{name}.tandem failed\n";open (IN,"$opts{tandem}") || die "open $opts{tandem} failed\n";while(){    chomp;    @info=split(/,/,$_);    $Agene=$info[0];    $Bgene=$info[1];    if(exists $hashG{$Agene} && exists $hashG{$Bgene}){        print OUT $Agene."\t".$Bgene."\n";    }}close(IN);close(OUT);

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