怎么用affy包查看全匹配探针与错配探针

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affymetrix表达谱芯片在设计时 除了全匹配（perfect match, pm) 探针（25-mer探针）进行进行荧光信号检测外，有时会设计错配(mismatch, mm) 探针（一个位点错配），基于PM-MM探针设计可以使检测低浓度靶序列的特异性和灵敏度大大提高，也便于进行背景校正等。而由于芯片原始数据处理的方法不同，有时会利用错配探针信号，而有时并不会参考错配探针信息。譬如，常见的 RMA算法进行数据标准化并未利用到mm信号值，mas5 方法则要参考mm进行计算。

因此在实际分析的过程中需要明确对应的affymetrix芯片 是不是包含两种探针信号，可选择的原始数据标准化的分析方法是不是相互配套。

分析过程中可以对读取的affymetrix芯片原始数据，所对应的AffyBatch 对象 利用pm() 函数和mm()查看是否包含对应的两种探针信号值。

       GSM1616746_Pool_1_Hilscher_26-07-2012.CEL.gz GSM1616747_Pool_1_Reif-Hilscher_8-2-2012.CEL.gz369707                                          390                                             205       GSM1616748_Pool_1wdh_Reif-Hilscher_9-2-2012.CEL.gz GSM1616749_Pool_2_Hilscher_26-07-2012.CEL.gz369707                                                181                                          497       GSM1616750_Pool_2_Reif-Hilscher_8-2-2012.CEL.gz GSM1616751_Pool_2wdh_Reif-Hilscher_9-2-2012.CEL.gz369707                                             223                                                190       GSM1616752_Pool_3_Hilscher_26-07-2012.CEL.gz GSM1616753_Pool_3_Reif-Hilscher_8-2-2012.CEL.gz369707                                          525                                             240       GSM1616754_Pool_3wdh_Reif-Hilscher_9-2-2012.CEL.gz GSM1616755_Pool_4_Hilscher_26-07-2012.CEL.gz369707                                                192                                          446       GSM1616756_Pool_4_Reif-Hilscher_8-2-2012.CEL.gz GSM1616757_Pool_4wdh_Reif-Hilscher_9-2-2012.CEL.gz369707                                             214                                                155       GSM1616746_Pool_1_Hilscher_26-07-2012.CEL.gz GSM1616747_Pool_1_Reif-Hilscher_8-2-2012.CEL.gz370871                                          174                                             157       GSM1616748_Pool_1wdh_Reif-Hilscher_9-2-2012.CEL.gz GSM1616749_Pool_2_Hilscher_26-07-2012.CEL.gz370871                                                159                                          215       GSM1616750_Pool_2_Reif-Hilscher_8-2-2012.CEL.gz GSM1616751_Pool_2wdh_Reif-Hilscher_9-2-2012.CEL.gz370871                                             148                                                137       GSM1616752_Pool_3_Hilscher_26-07-2012.CEL.gz GSM1616753_Pool_3_Reif-Hilscher_8-2-2012.CEL.gz370871                                          213                                             180       GSM1616754_Pool_3wdh_Reif-Hilscher_9-2-2012.CEL.gz GSM1616755_Pool_4_Hilscher_26-07-2012.CEL.gz370871                                                152                                          234       GSM1616756_Pool_4_Reif-Hilscher_8-2-2012.CEL.gz GSM1616757_Pool_4wdh_Reif-Hilscher_9-2-2012.CEL.gz370871                                             151                                                134

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