如何使用awk筛选差异基因

小编给大家分享一下如何使用awk筛选差异基因，相信大部分人都还不怎么了解，因此分享这篇文章给大家参考一下，希望大家阅读完这篇文章后大有收获，下面让我们一起去了解一下吧！

命令行筛选差异基因

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ID  log2fc  FDRgene1   1   0.001gene2   -1  0.001gene3   1   0.001gene4   2   0.0001

筛选条件：log2fc的绝对值大于1，FDR<0.05

命令：

awk 'BEGIN{OFS=FS="\t"}{if(FNR==1) print $0; else {abs_log2fc=($2<0?$2*(-1):$2);if(abs_log2fc>=1 && $3<0.05) print $0;}}' de_gene.txt

$2代表的是第二列的log2fc,你的文件的log2fc在哪一列就用$第几列，$3代表FDR，你的文件第几列是也是写$第几列

筛选差异基因存储到不同的文件
命令：

awk 'BEGIN{OFS=FS="\t"; up="up"; dw="dw";}{if(FNR==1) {print $0 >up; print $0 >dw;} else if ($3<0.05) {if ($2>=1) print $0 >up; else if($2<=-1) print $0 >dw;}}' de_gene.txt

以上是"如何使用awk筛选差异基因"这篇文章的所有内容，感谢各位的阅读！相信大家都有了一定的了解，希望分享的内容对大家有所帮助，如果还想学习更多知识，欢迎关注行业资讯频道！