perl对应的gff文件格式是什么

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对应的gff文件是下面的格式：

1     araport11   gene    3631    5899    .   +   .   ID=gene:AT1G01010;Name=NAC001;biotype=protein_coding1    araport11   mRNA    3631    5899    .   +   .   ID=transcript:AT1G01010.1;Parent=gene:AT1G010101    araport11   five_prime_UTR  3631    3759    .   +   .   Parent=transcript:AT1G01010.11    araport11   exon    3631    3913    .   +   .   Parent=transcript:AT1G01010.1;Name=AT1G01010.1.exon1;constitutive=11    araport11   CDS 3760    3913    .   +   0   ID=CDS:AT1G01010.1;Parent=transcript:AT1G01010.1;protein_id=AT1G01010.11    araport11   exon    3996    4276    .   +   .   Parent=transcript:AT1G01010.1;Name=AT1G01010.1.exon2;constitutive=11    araport11   CDS 3996    4276    .   +   2   ID=CDS:AT1G01010.1;Parent=transcript:AT1G01010.1;protein_id=AT1G01010.11    araport11   exon    4486    4605    .   +   .   Parent=transcript:AT1G01010.1;Name=AT1G01010.1.exon3;constitutive=11    araport11   gene    6788    9130    .   -   .   ID=gene:AT1G01020;Name=ARV1;biotype=protein_coding1    araport11   mRNA    6788    8737    .   -   .   ID=transcript:AT1G01020.6;Parent=gene:AT1G01020;biotype=protein_coding1    araport11   exon    6788    7069    .   -   .   Parent=transcript:AT1G01020.6;Name=AT1G01020.2.exon8;constitutive=01    araport11   three_prime_UTR 6788    7069    .   -   .   Parent=transcript:AT1G01020.61    araport11   three_prime_UTR 7157    7314    .   -   .   Parent=transcript:AT1G01020.61    araport11   exon    7157    7450    .   -   .   Parent=transcript:AT1G01020.6;Name=AT1G01020.2.exon7;constitutive=01    araport11   CDS 7315    7450    .   -   1   ID=CDS:AT1G01020.6;Parent=transcript:AT1G01020.6;protein_id=AT1G01020.61    araport11   exon    7564    7649    .   -   .   Parent=transcript:AT1G01020.6;Name=AT1G01020.1.exon6;constitutive=1

脚本在遇到gff文件第三列为gene时，匹配gene_id，但是不同的平台和软件gene_id对应的前缀也不一样，如上图所示前缀是ID=gene:，所以脚本匹配时是：

            $a[8]=~ m/ID=gene:([^;]*);/;

如果你的gff文件第八列gene_id对应的前缀也不一样，例如如下所示：

1    araport11   gene    11649   13714   .   -   .   ID=AT1G01030;Name=NGA3;biotype=protein_coding

你就需要修改一下脚本，将匹配内容改为如下所示：

$a[8]=~ m/ID=([^;]*);/;

这样脚本才能正确匹配，提取信息。

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