怎么用R语言apply批量进行t.test

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批量t.test

基于R语言读取整个表格中的数据，并对每一行依次进行t.test，如果写成循环，运算速度非常慢，可以利用apply()函数辅助完成计算过程。

譬如有如下数据，共2000行6列，对A组数据和B组数据进行t.test计算：

> head(data,2)                        A1   A2   A3   B1   B2    B3TRINITY_DN100001_c0_g1 2.5 2.81 4.75 1.96 2.71  6.11TRINITY_DN100002_c0_g1 0.0 0.00 0.00 0.00 0.00 40.45> dim(data)[1] 2000    6

基本函数为t.test()，并提取出返回值p.value，最终将所有p.value赋值给pvalue向量

pvalue=apply(data,1,function(x) t.test(x[1:3],x[4:6],paired = T)$p.value)

返回结果中针对第一第二行数据的pvalue值如下：

> head(pvalue,2)TRINITY_DN100001_c0_g1 TRINITY_DN100002_c0_g1              0.7165794              0.4226497

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