R语言的enrichGO_pip.r如何使用

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enrichGO_pip.R GO富集分析

使用说明

Rscript $scriptdir/enrichGO_pip.r  -husage: /work/my_stad_immu/scripts/enrichGO_pip.r [-h] -g gene.list [-d ann.db]                                                 [-t idtype] [-s show.type]                                                 [-p pvalueCutoff]                                                 [-q qvalueCutoff]                                                 [-c showCategory] [-n prefix]                                                 [-o outdir] [-H height]                                                 [-W width]GO enrich analysis:optional arguments:  -h, --help            show this help message and exit  -g gene.list, --gene.list gene.list                        diff expressed gene list file, required  -d ann.db, --ann.db ann.db                        org.Hs.eg.db or org.Mm.eg.db ,for more info visit:                        https://www..com/article/1244 [optional,                        default: org.Hs.eg.db ]  -t idtype, --idtype idtype                        deg gene id type: ENSEMBL SYMBOL ENTREZID GENENAME                        [optional, default: SYMBOL ]  -s show.type, --show.type show.type                        set example ID type name [optional, default: ENTREZID                        ]  -p pvalueCutoff, --pvalueCutoff pvalueCutoff                        pvalue cutoff on enrichment tests to report,                        [optional, default: 0.05 ]  -q qvalueCutoff, --qvalueCutoff qvalueCutoff                        qvalue cutoff on enrichment tests to report as                        significant. Tests must pass i) pvalueCutoff on                        unadjusted pvalues, ii) pvalueCutoff on adjusted                        pvalues and iii) qvalueCutoff on qvalues to be                        reported., [optional, default: 0.2 ]  -c showCategory, --showCategory showCategory                        how many GO Category to show, [optional, default: 10 ]  -n prefix, --prefix prefix                        the output file prefix [optional, default: enrichGO ]  -o outdir, --outdir outdir                        output file directory [default cwd]  -H height, --height height                        the height of pic inches [default 10]  -W width, --width width                        the width of pic inches [default 10]

参数说明：

-g 输入基因列表文件： 脚本会读取第一列基因ID作为基因集：

-d 物种注释数据库： 人的：org.Hs.eg.db

-t 指定输入基因列表的ID类型

使用举例：

Rscript $scriptdir/enrichGO_pip.r --gene.list $workdir/04.deg/S1_vs_S2.DEG.final.tsv \  -o GO -n S1_vs_S2 --pvalueCutoff 0.5 --ann.db org.Hs.eg.db  \    --idtype SYMBOL

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