proovread怎么安装和使用

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proovread 是在2014年发表在Bioinformatics 上的一款Pacbio序列纠错软件，其基本的原理是利用高准确度的二代短序列，不停的迭代比对，对pacbio的序列进行纠正。

目前该软件已经在github 上公开,并不断的更新。

1. 软件的安装

安装方法比较简单，按照官方的说明操作即可。

2. 使用方法

使用也非常的简单，需要设置的输入项比较少，大部分采用默认配置即可。

proovread  -t 8   -l isoseq_flnc.fasta  -s  WT.trim_read1.fastq  -s WT.trim_read2.fastq   -p out_prefix

参数说明：

-t : 设置线程数，该软件非常消耗资源，要想加快速度，可以将线程数设置大一些

-l : 就是输入pacbio 的序列

-s : 就是输入二代测序的短序列， 如果有多个文件，可以多次输入。

-p : 指定输出文件夹的名称

3. 输出结果

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