samtools工具docker镜像如何使用

本篇内容介绍了"samtools工具docker镜像如何使用"的有关知识，在实际案例的操作过程中，不少人都会遇到这样的困境，接下来就让小编带领大家学习一下如何处理这些情况吧！希望大家仔细阅读，能够学有所成！

samtools工具docker镜像使用方法：

1.查询镜像：

$ docker search INDEX       NAME                                     DESCRIPTION                     STARS     OFFICIAL   AUTOMATEDdocker.io   docker.io//biocontainer-base   Biocontainers base Image        0docker.io   docker.io//samtools            samtools 1.10 from    0

2.下载镜像

docker pull docker.io//samtools:latest

运行镜像并使用samtools对t.fa文件建立索引

-rw-rw-r-- 1 biosoft biosoft   70 Mar 16 17:30 t.fa/biosoft/docker/samtoolstotal 24-rw-rw-r-- 1 biosoft biosoft   70 Mar 16 17:30 t.fa-rw-r--r-- 1 root    root      14 Mar 16 17:55 t.fa.fai

或者直接可以把当前工作路径传递进去：

docker run -v `pwd`:`pwd` -w `pwd` --rm   d505ac3f6c30 samtools faidx t.fa         # -w 设置容器中的工作路径

"samtools工具docker镜像如何使用"的内容就介绍到这里了，感谢大家的阅读。如果想了解更多行业相关的知识可以关注网站，小编将为大家输出更多高质量的实用文章！