linux怎么处理fasta和fastq序列

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（1）从一个文件a提取第10至20个序列存到另一个文件b：

awk -v RS='>' 'NR>1{i++}i>=10&&i<=20{print ">"$0}' a.fasta|sed '/^$/d'>b.fasta

（2）将某一文件a中每一条序列保存到一个文件中：

awk '/^>/{f=++d".fasta"} {print > f}' input.fasta

（3）fastq转换成fasta序列

zcat input_file.fastq.gz | awk 'NR%4==1{printf ">%s\n", substr($0,2)}NR%4==2{print}' > output_file.fa

（4）fastq统计条数

zcat reads.fq.gz | echo $((`wc -l`/4))

（5）fasta序列的数量

grep -c "^>" reads.fa

（6）某个短序列出现次数

> zgrep -c 'ATGATGATG' reads.fq.gz    398065    > zcat reads.fq.gz | awk '/ATGATGATG/ {nlines = nlines + 1} END {print nlines}'    398065

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