perl如何批量计算蛋白质分子量
发表于:2026-11-04 作者:千家信息网编辑
千家信息网最后更新 2026年11月04日,本文小编为大家详细介绍"perl如何批量计算蛋白质分子量",内容详细,步骤清晰,细节处理妥当,希望这篇"perl如何批量计算蛋白质分子量"文章能帮助大家解决疑惑,下面跟着小编的思路慢慢深入,一起来学习
千家信息网最后更新 2026年11月04日perl如何批量计算蛋白质分子量
本文小编为大家详细介绍"perl如何批量计算蛋白质分子量",内容详细,步骤清晰,细节处理妥当,希望这篇"perl如何批量计算蛋白质分子量"文章能帮助大家解决疑惑,下面跟着小编的思路慢慢深入,一起来学习新知识吧。
perl脚本如下:
die "perl $0" unless(@ARGV==2);use Bio::SeqIO;use Bio::Seq;use Bio::Tools::SeqStats;use Bio::Tools::pICalculator;use Data::Dumper;#读入序列my $in = Bio::SeqIO->new(-file => "$ARGV[0]",-format => 'Fasta');open OUT,">$ARGV[1]" or die "$!";print OUT "#ID\tlength\tMV(Da)\tpI\n";my $calc = Bio::Tools::pICalculator->new(-places => 2,-pKset => 'EMBOSS');#逐条读取序列while ( my $seq = $in->next_seq() ) {my ( $id, $sequence, $desc ) = ( $seq->id, $seq->seq, $seq->desc );my $weight = Bio::Tools::SeqStats ->get_mol_wt($seq);$calc->seq($seq); my $iep = $calc->iep; print OUT sprintf("%s\t%s\t%s\t%s\n", $seq->id, $seq->length, "$weight->[0]", $iep);}$in->close();close(OUT);
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