R语言的multi_cox.r怎么用

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multi_cox.r 多因素cox分析

使用方法：

指定多个基因表达量做多因素cox回归分析，并构建预后模型，以及评估预后模型：

$Rscript $scriptdir/multi_cox.r -husage: /share/nas1/huangls/test/TCGA_immu/scripts/multi_cox.r       [-h] -i data -t time -e event -v variate [variate ...]       [-P predict.time [predict.time ...]] [-c cut.score] [-s seed]       [-o outdir] [-p prefix]multi variate cox regression analysis using gene expressionoptional arguments:  -h, --help            show this help message and exit  -i data, --data data  input data file path[required]  -t time, --time time  set suvival time column name [required]  -e event, --event event                        set event column name must 0 or 1 code format                        [required]  -v variate [variate ...], --variate variate [variate ...]                        variate for cox analysis [required]  -P predict.time [predict.time ...], --predict.time predict.time [predict.time ...]                        Time point to draw the ROC curve [default 365 1095                        1825]  -c cut.score, --cut.score cut.score                        set cut score value to divide high and low risk groups                        [default median]  -s seed, --seed seed  set random seed [default 2021]  -o outdir, --outdir outdir                        output file directory [default cwd]  -p prefix, --prefix prefix                        out file name prefix [default cox]

使用举例：

Rscript $scriptdir/multi_cox.r -i imm.unicox.metadata-exp.tsv -e EVENT -t TIME \    -v PDGFRL CXCR4 PAK3 CSF1R PDCD1 -P  365 1095 1825 \    -o multicox   -p  multicox

参数说明：

-i 输入生存数据与基因表达文件

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