R语言怎么分析群体遗传进化进化树

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群体遗传进化进化树分析方法：

cd $workdir  #回到工作目录mkdir 01.phylo_treecd 01.phylo_tree#文件格式转换run_pipeline.pl  -Xmx5G -importGuess  $workdir/00.filter/clean.vcf.gz  \    -ExportPlugin -saveAs supergene.phy -format Phylip_Inter#最大似然法构建进化树#方法1：fasttree 构建进化树fasttree -nt -gtr  supergene.phy   >  fasttree.nwk#方法2：iqtree 构建进化树  设置boots值，最大似然法iqtree2 -s supergene.phy -st DNA -T 2  -mem 8G \    -m  GTR  -redo \    -B 1000 -bnni \    --prefix iqtree     #方法3：raxml 构建进化树 最大似然法#raxml-ng  -msa supergene.phy --model GTR  --prefix raxml_tree \    #    --threads 2 --seed 123   1>raxml.log 2>raxml.err## with bootstrap#raxml-ng -all  -msa supergene.phy --model GTR --bs-trees 1000 \    #    --prefix raxml_tree_bootstrap --threads 2 --seed 123   1>raxml_bs.log 2>raxml_bs.err#方法4：phylip NJ法构建进化树  Phylip 格式对样品ID字符要求不超过10个，不然会截断cp supergene.phy infileecho -e "Y\n" |dnadistcp infile.dist infileecho -e "Y\n"  |neighbormv outtree outtree.nwk

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