怎么用bedtools统计VCF文件中各染色体不同区域中的变异数量

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1.获得基因组的各染色体的长度信息

$ samtools faidx genome.fa#生成gemome.fa.fai文件第一列为染色体，第二列为对应染色体长度chr01   44488843        7       44488843        44488844chr02   38522657        44488858        38522657        38522658chr03   34302425        83011523        34302425        34302426chr04   31904921        117313956       31904921        31904922chr05   31465669        149218885       31465669        31465670chr06   29481096        180684562       29481096        29481097chr07   26142479        210165666       26142479        26142480chr08   23295356        236308153       23295356        23295357chr09   21309744        259603517       21309744        21309745chr10   20413421        280913269       20413421        20413422

2.根据染色体的长度产出区域文件：

$ bedtools makewindows -g genome.fa.fai -w 100000 >region.bed$ head region.bedchr01   0       100000chr01   100000  200000chr01   200000  300000chr01   300000  400000chr01   400000  500000

3.输入vcf文件统计不同区域里面变异个数

$ bedtools coverage -a region.bed -b q4.vcf  -counts >result.txt

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