如何利用ggplot2进行火山图的绘制

这篇文章给大家分享的是有关如何利用ggplot2进行火山图的绘制的内容。小编觉得挺实用的，因此分享给大家做个参考，一起跟随小编过来看看吧。

利用ggplot2进行火山图的绘制

ggplot2包绘制火山图
加载R包以及案例数据temp1

 library('ggplot2') head(temp1,10)       -log10FDR      logFC Regulate64170   1.971938 -2.2884388     Down6674    1.864104 -1.2460804     Down7401    1.864104  1.2950939       Up57217   1.864104 -1.2676311     Down50613   1.801074  1.6640064       Up3433    1.801074  4.2696415       Up54830   1.801074 -1.9012811     Down54886   1.801074 -1.5446208     Down6355    1.801074  1.4273926       Up338324  1.801074  0.9592775   Normal

数据解释: 数据框temp1，行名为GeneID，第一列为-log10FDR，数据愈大，该基因变化为显著，第二列为logFC，实际表示log2FC，为差异变化倍数，第三列为上下调信息，基于第一列和第二列的信息的阈值进行筛选获得，需要给这一列信息进行设置，设置为有序因子，方便后续图片颜色设置

temp1$Regulate=factor(temp1$Regulate, levels=c("Up","Down","Normal"), order=T)

绘图,绘制成点图

P_volcano=ggplot(temp1,aes(x=temp1$logFC,y=temp1[,"-log10FDR"]))+            geom_point(aes(color=temp1$Regulate))+            #设置点的颜色            scale_color_manual(values =c("Up" = "red", "Down" = "blue", "Normal" = "grey"))+            labs(x="log2FC",y="-log10FDR")+            #增加阈值线:分别对应FDR=0.05,|log2FC|=1            geom_hline(yintercept=-log10(0.05),linetype=4)+            geom_vline(xintercept=c(-1,1),linetype=4)+            xlim(-5,5)+            theme(plot.title = element_text(size = 25,face = "bold", vjust = 0.5, hjust = 0.5),                    legend.title = element_blank(),                    legend.text = element_text(size = 18, face = "bold"),                    legend.position = 'right',                    legend.key.size=unit(0.8,'cm'),                    axis.ticks.x=element_blank(),                    axis.text.x=element_text(size = 15,face = "bold", vjust = 0.5, hjust = 0.5),                    axis.text.y=element_text(size = 15,face = "bold", vjust = 0.5, hjust = 0.5),                    axis.title.x = element_text(size = 20,face = "bold", vjust = 0.5, hjust = 0.5),                    axis.title.y = element_text(size = 20,face = "bold", vjust = 0.5, hjust = 0.5),                    panel.background = element_rect(fill = "transparent",colour = "black"),                    panel.grid.minor = element_blank(),                    panel.grid.major = element_blank(),                    plot.background = element_rect(fill = "transparent",colour = "black"))P_volcano

感谢各位的阅读！关于"如何利用ggplot2进行火山图的绘制"这篇文章就分享到这里了，希望以上内容可以对大家有一定的帮助，让大家可以学到更多知识，如果觉得文章不错，可以把它分享出去让更多的人看到吧！