ESTIMATE的R包脚本怎么写

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xCell包安装

options(stringsAsFactors = F)Sys.setlocale("LC_ALL","English")devtools::install_github('dviraran/xCell')library(xCell)

##利用xCell分析RNA-seq数据

result <- xCellAnalysis(exprSet,rnaseq=T)save(result,file = 'Xcell_result')

MCP-counter的R包脚本：

library(devtools)install_github('ebecht/MCPcounter',ref='master',subdir = 'Source')library(MCPcounter)input <- read.table("RNA-seq_data ",sep = "\t",header = TRUE,row.names = 1)

#小编在运行时遇到了github连接的错误；设置C:\Windows\System32\drivers\etc\hosts文件；在文件最后面加："199.232.68.133 raw.githubusercontent.com"

MCPcounter_estimate <- MCPcounter.estimate(input,featuresType = "HUGO_symbols")heatmap(as.matrix(ExampleEstimates),col=colorRampPalette(c("blue","white","red"))(100))

ESTIMATE的R包脚本：

library(utils)rforge <- "http://r-forge.r-project.org"install.packages("estimate", repos=rforge, dependencies=TRUE)library(estimate)help(package="estimate")SCLC_Expr = "C:/Users/lxz/Desktop /sclc_ucologne_2015/data_RNAseq_SCLC_uni_sort_TPM"filterCommonGenes(input.f=SCLC_Expr,output.f = "SCLC_10412genes.gct",id = "GeneSymbol")estimateScore(input.ds = "SCLC_10412genes.gct",              output.ds="SCLC_estimate_score.gct",               platform="illumina")##此步点图是基于Affymetrix平台的测序数据#plotPurity(scores="SCLC_estimate_score.gct", samples="all_samples",platform="Affymetrix")sclc_scores=read.table("SCLC_estimate_score.gct",skip = 2,header = T)rownames(sclc_scores)=sclc_scores[,1]sclc_scores=t(sclc_scores[,3:ncol(sclc_scores)])write.table(sclc_scores,"Immunity_score",row.names = T,sep = "\t",quote = F)

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