如何使用perl脚本批量生成反向互补序列

这篇文章将为大家详细讲解有关如何使用perl脚本批量生成反向互补序列，小编觉得挺实用的，因此分享给大家做个参考，希望大家阅读完这篇文章后可以有所收获。

有时候我们需要得到序列的反向互补序列，可以用下面的脚本来批量处理序列。

用法：

perl  fasta_Reverse_complementary.pl  -fa input.fa  -out out.fa

input.fa是输入文件，out.fa是反向互补后的序列

输入文件格式入下所示：

>bta-26a-2GGCUGUGGCUGGAUUCAAGUAAUCCAGGAUAGGCUGUUUCCAUCUGUGAGGCCUAUUCUUGAUUACUUGUUUCUGGAGGCAGCU>bta-18bCUUGUGUUAAGGUGCAUCUAGUGCAGUUAGUGAAGCAGCUCAGAAUCUACUGCCCUAAAUGCUCCUUCUGGCACA>bta-29aAUGACUGAUUUCUUUUGGUGUUCAGAGUCAAUAUAAUUUUCUAGCACCAUCUGAAAUCGGUUAU>bta-7f-2UGUGGGAUGAGGUAGUAGAUUGUAUAGUUUUAGGGUCAUACCCCAUCUUGGAGAUAACUAUACAGUCUACUGUCUUUCCCACG

代码如下：

#!/usr/bin/perl -wuse strict;use Getopt::Long;use Config::General;use Bio::SeqIO;use Bio::Seq;my $version = "1.3";## prepare parameters ######################################################################### -------------------------------------------------------------------------------------------## GetOptionsmy %opts;GetOptions(\%opts,  "fa=s", "out=s","h");if(!defined($opts{out}) || !defined($opts{fa}) ||defined($opts{h})){print <<"Usage End.";UsageForced parameter:-out          outfile                                must be given-fa      fasta file           must be givenOther parameter:-h           Help documentUsage End.exit;}my $in  = Bio::SeqIO->new(-file => "$opts{fa}" , -format => 'Fasta');open(OUT,">$opts{out}") ||die "open file $opts{out} faild.\n";while ( my $seq = $in->next_seq() ) {my($id,$sequence)=($seq->id,$seq->seq);$sequence = &reverse_complement_IUPAC($sequence);print OUT ">$id\n$sequence\n";}sub reverse_complement_IUPAC {        my $dna = shift;                # reverse the DNA sequence                my $revcomp = reverse($dna);                # complement the reversed DNA sequence                $revcomp =~ tr/ABCDGHMNRSTUVWXYabcdghmnrstuvwxy/TVGHCDKNYSAABWXRtvghcdknysaabwxr/;        return $revcomp;}sub reverse_complement {        my $dna = shift;                # reverse the DNA sequence                my $revcomp = reverse($dna);                # complement the reversed DNA sequence                $revcomp =~ tr/ACGTacgt/TGCAtgca/;        return $revcomp;}

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