Abyss怎么安装使用

这篇文章主要讲解了"Abyss怎么安装使用"，文中的讲解内容简单清晰，易于学习与理解，下面请大家跟着小编的思路慢慢深入，一起来研究和学习"Abyss怎么安装使用"吧！

主流的NGS基因组组装软件都是先将序列划分成kmer, 然后基于de Bruijn Graph图论算法，得到组装好的序列。程序运行时，kmer字符串时存储在内存中，所以要求计算机的内存要足够大。

Abyss 基于布隆过滤器，不直接储存字符串，减少了内存的消耗。

安装过程如下

wget https://github.com/bcgsc/abyss/releases/download/2.1.0/abyss-2.1.0.tar.gztar xzvf abyss-2.1.0.tar.gzcd abyss-2.1.0/./configure --prefix=$(pwd) --without-sparsehashmake

编译成功后，会生成许多的可执行文件，这些文件分散在不同的目录下，想要成功运行该软件，需要将这些可执行文件都添加到PATH环境变量中，写法如下

export ABYSS_HOME=/soft/abyss-2.1.0export PATH=$ABYSS_HOME/ABYSS:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/AdjList:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/Align:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/bin:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/Bloom:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/BloomDBG:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/Consensus:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/DAssembler:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/DataBase:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/dialign:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/DistanceEst:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/FilterGraph/:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/FMIndex/:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/GapFiller:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/Graph:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/KAligner:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/kmerprint:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/Konnector:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/Layoutp:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/LogKmerCountr:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/Map:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/MergePaths:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/Overlap:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/PairedDBG:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/ParseAligns:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/PathOverlap:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/PopBubbles:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/Scaffold:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/Sealer:$PATHexport PATH=$ABYSS_HOME/SimpleGraph:$PATH

只需要调整ABYSS_HOME，将其设置为软件所在的实际目录即可，可以在~/.bahsrc文件中设置以上环境变量，然后运行下列代码

source ~.bahsrc

这样环境变量就会生效，至此，软件才算安装成功。官网还提供了测试数据集，下载测试数据集的方法如下

wget http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/abyss/releases/1.3.4/test-data.tar.gztar xzvf test-data.tar.gztree -L 1 test-data├── reads1.fastq└── reads2.fastq

测试数据集是一个双端测序的结果文件，用Abyss进行组装的命令如下

abyss-pe k=25 name=test in='test-data/reads1.fastq test-data/reads2.fastq'

name参数是生成文件的前缀，运行结束后，会生成很多文件，以下两个文件是我们最关注的

1. test-contigs.fa

2. test-scaffolds.fa

   
   

分别对应contig和scaffold的结果。

对于Abyss而言，只能通过for 循环，实现多个kmer 梯度组装，用法如下

for k in `seq 50 8 90`; do    mkdir k$k    abyss-pe -C k$k name=test k=$k in=reads.fadone

感谢各位的阅读，以上就是"Abyss怎么安装使用"的内容了，经过本文的学习后，相信大家对Abyss怎么安装使用这一问题有了更深刻的体会，具体使用情况还需要大家实践验证。这里是，小编将为大家推送更多相关知识点的文章，欢迎关注！