如何下载TCGA临床信息中的用药信息

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以下载用药信息为例：

#  加载需要的包library(SummarizedExperiment)library(TCGAbiolinks)############################################################ GDC: https://portal.gdc.cancer.gov/############################################################ 设置程序参数work_dir <- "/Users/zhangqiuxue/Downloads" # 设置需要下载癌症对应的project 和数据类型project <- "TCGA-GBM"data_category <- "Clinical"data_type <- "Clinical Supplement"legacy <- FALSEfile_type = "xml"# 设置工作目录setwd(work_dir)# 下载临床数据的结果DataDirectory <- paste0(work_dir,"/GDC/",gsub("-","_",project))# 查询可以下载的数据query <- GDCquery(project = project,                  data.category = data_category,                  data.type = data_type,                   file.type = file_type,                  legacy = legacy)# 该癌症总样品数量samplesDown <- getResults(query,cols=c("cases"))cat("Total Clinical sample to down:", length(samplesDown))# 下载数据GDCdownload(query = query,            directory = DataDirectory,files.per.chunk=6, method='client')# 用专门的函数去整合下载好的数据clinical <- GDCprepare_clinic(query, clinical.info = "drug",directory = DataDirectory)# 将数据保存到文件，方便后面的进一步分析clinical_file <- paste0(DataDirectory, "_","clinical",".txt")write.csv(clinical, file = clinical_file, row.names = F, quote = F)

其中的关键就是设置：

file_type = "xml"

clinical.info = "drug"

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