CANTATAdb数据库有什么用

这篇文章主要介绍了CANTATAdb数据库有什么用，具有一定借鉴价值，感兴趣的朋友可以参考下，希望大家阅读完这篇文章之后大有收获，下面让小编带着大家一起了解一下。

CANTATAdb数据库收录了植物中的lncRNA信息，主要通过l软件预测的方式识别植物中的lncRNA, 目前包含来自39个物种共239631个lncRNA，是目前最大的植物lncRNA数据库，网址如下

http://yeti.amu.edu.pl/CANTATA/

通过从NCBI的SRA和EBI的ENA数据库中收集植物的RNA_seq数据，通过比对组装得到转录本序列，然后通过CNCI软件来预测lncRNA。

通过导航栏的Search菜单，可以从下拉列表中选择感兴趣的物种，查看对应的lncRNA信息，以水稻Oryza sativa为例，检索框示意如下

可以通过CNCI软件预测结果，肽段长度，表达量，外显子个数等参数对结果进行筛选。网页的第二部分展示的是筛选后的结果总数，示意如下

第三部分为最终结果，示意如下

在该数据库中，每个转录本ID以CNCT开头，给出了染色体位置，CNCI软件的打分值，和swiss-prot蛋白数据库比对的结果，最大肽段长度，最大表达量，外显子个数等信息，点击Details可以查看以下详细信息

1. Blast

2. 表达量

3. 肽段预测结果

4. 序列

该数据库中的lncRNA信息是可以免费下载的，提供了FASTA和GTF两种格式，示意如下

该数据库中收录的物种是最多的，做植物lncRNA研究的可以关注下这个数据库。

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