metadata中怎么实现按列分组

本篇内容介绍了"metadata中怎么实现按列分组"的有关知识，在实际案例的操作过程中，不少人都会遇到这样的困境，接下来就让小编带领大家学习一下如何处理这些情况吧！希望大家仔细阅读，能够学有所成！

使用说明：

metadata中按列分组，做差异比较分析，可以利用 merge_tsv_files.r 或者 merge_metadata_genexpdata.r 将比较的信息合并到metadata中：

usage: /share/nas1/huangls/test/TCGA_immu/scripts/compare_stat_boxplot.r       [-h] -m filepath -v variate [variate ...] -g group [-b groupby]       [-G geom] [--addDot] [-p palette [palette ...]] [-T title] [-x xlab]       [-y ylab] [-o path] [-n prefix] [-H number] [-W number]box plot and stat :optional arguments:  -h, --help            show this help message and exit  -m filepath, --metadata filepath                        input metadata file path[required]  -v variate [variate ...], --variate variate [variate ...]                        variate for box [required]  -g group, --group group                        group name from metadata to test[required]  -b groupby, --groupby groupby                        main group name from metadata to subset [default NULL]  -G geom, --geom geom  set type of plot: boxplot, violin, splitviolin                        [default=boxplot]  -p palette [palette ...], --palette palette [palette ...]                        fill color palette [default ('#e41a1c', '#377eb8',                        '#4daf4a', '#984ea3', '#ff7f00', '#ffff33', '#a65628',                        '#f781bf', '#999999')]  -T title, --title title                        the label for main title [optional, default: ]  -x xlab, --xlab xlab  input xlab [default ]  -y ylab, --ylab ylab  input ylab [default value]  -o path, --outdir path                        output file directory [default                        /share/nas1/huangls/test/TCGA_immu/07.survival]  -n prefix, --name prefix                        out file name prefix [default demo]  -H number, --height number                        the height of pic inches [default 5]  -W number, --width number                        the width of pic inches [default 3]

参数说明：

-m 指定metadata文件

-v 指定要比较的变量所在的列列名，可以多个

-g 指定分组列列名

-G 指定输出 boxplot类型

使用举例：

Rscript $scriptdir/compare_stat_boxplot.r -m ../08.Nomogram/nomogram_metadata.tsv \  -v  PDGFRL CXCR4 PAK3 CSF1R PDCD1 \  -g risk.group -n signature.geneExp -W 10 -G  boxplot -y "log2(TPM)"

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