转录因子的靶基因数据库是什么
小编给大家分享一下转录因子的靶基因数据库是什么，希望大家阅读完这篇文章之后都有所收获，下面让我们一起去探讨吧！
对于转录因子而言，我们最想知道的信息就是其对应的靶基因。转录因子相关数据库非常的多，有些数据库直接提供了靶基因的信息，比如TRANSFAC, 有些数据库只提供了motif的信息，比如JASPAR, 我们只能通过软件预测在基因的启动子序列上是否有对应的motif, 从而识别转录因子的靶基因。
TRANSFAC收费，而JASPAR的靶基因预测又需要一定的生信技能，有没有哪个数据库既免费，又直接提供了靶基因数据呢？
这种数据库肯定是存在的，比如之前介绍过的TRRUST等数据库，但是本文的主角是另外一个数据库，Harmonizonme。
将各个Resource来源数据库中的原始信息加以整理，得到更加直观，方便使用的数据集Datasets，然后将所有的整理好的信息存储在同一个数据库中，就得到了Harmonizonme数据库，网址如下
http://amp.pharm.mssm.edu/Harmonizome/
目前该数据库包含来自66个Resources数据库，114个数据集datasets, 共有57620个基因，295496个属性，71927784个相互作用关系。分类情况如下
可以看到有非常多种类型的信息，本文只介绍转录因子的靶基因数据集，在官网首页，根据关键词检索相关的数据集，示意如下
最终可以检索到以下6个转录因子靶基因数据集
以TRANSFAC Curated Transcription Factor Targets数据集为例，链接如下
http://amp.pharm.mssm.edu/Harmonizome/dataset/TRANSFAC+Curated+Transcription+Factor+Targets
该数据集是手工收集整理的转录因子靶基因数据集，示意如下
共包括201个转录因子的靶基因信息，点击每个转录因子，可以看到相关的靶基因，示意如下
除了在线浏览特定转录因子的靶基因外，还可以方便的下载该数据集，点击下图中红色方框标识的文件进行下载即可
该文件列数很多，前几列示意如下
| source | source_desc | source_id | target | target_desc | target_id |
|---|---|---|---|---|---|
| SLC16A9 | na | 220963 | ALX1 | na | 8092 |
| SLC26A3 | na | 1811 | ALX1 | na | 8092 |
| ABHD17B | na | 51104 | ALX1 | na | 8092 |
这里的id指的是基因对应的Entrez Id, source值的是靶基因，`target值的是转录因子，通过该数据库可以方便的得到转录因子和靶基因之间的调控关系。
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