IsoSeq3怎么安装

今天小编给大家分享一下IsoSeq3怎么安装的相关知识点，内容详细，逻辑清晰，相信大部分人都还太了解这方面的知识，所以分享这篇文章给大家参考一下，希望大家阅读完这篇文章后有所收获，下面我们一起来了解一下吧。

参考官方的安装说明，采用Anaconda 进行安装，步骤如下：

1 下载最新版本的Anaconda
2 参考安装说明，安装Anaconda。并将Anaconda的bin目录加入到系统PATH环境变量
3 测试conda是否安装成功，并更新到最新版本

conda -V   conda update conda

4 创建一个虚拟环境,命名为anaCogent5.2(这个名字可以自己定义），采用python 2.7版本

conda create -n anaCogent5.2 python=2.7 anacondasource activate anaCogent5.2

5 配置国内镜像，加快软件安装速度
有时候，安装这些包的速度比较慢，还可能中断，主要原因是Anaconda的服务器在国外。可以换成国内的镜像，加快下载速度。目前清华大学那边提供了镜像，其配置方法如下：

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/conda config --set show_channel_urls yes

6 安装依赖包biopython bx-python

conda install -n anaCogent5.2 biopythonconda install -n anaCogent5.2 -c http://conda.anaconda.org/cgat bx-python

7 安装iso-Seq3 和 LIMA

conda install -n anaCogent5.2 -c bioconda isoseq3conda install -n anaCogent5.2 -c bioconda bamtools  conda install -n anaCogent5.2 -c bioconda pysam

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