TCGA临床信息如何正确的保存格式

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TCGA临床信息如何正确的保存格式, 避免错行，错列的情况

TCGA的临床数据，经过TCGAbiolinks 下载之后，需要保存到文件中，一般大家都希望保存的文件能够采用excel 打开。

但是临床数据中存在几个问题：

1. 一些值缺失，没有值填充

2， 一些字段中存在空格，逗号等

如果直接采用R中的 write.table进行读写，经常会存在数据错行，字段错列的情况,主要的原因是该函数默认采用tab格式 ："\t" 进行数据分割，而excel 无法区分 空格和tab。

这就需要采用一个临床信息中没有的分隔符，对数据进行分割 ，比如，采用星号（*）去分割。

# 将数据保存到文件clinical_file <- paste0(DataDirectory, "_","clinical",".txt")write.table(clinical, file = clinical_file, row.names = F, col.names=T,quote = T,sep='*',na = "NA")

之后打开excel 时，对数据进行分列，同样选用星号（*） 即可。

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