R语言的enrichKEGG_pip.r如何使用

本文小编为大家详细介绍"R语言的enrichKEGG_pip.r如何使用"，内容详细，步骤清晰，细节处理妥当，希望这篇"R语言的enrichKEGG_pip.r如何使用"文章能帮助大家解决疑惑，下面跟着小编的思路慢慢深入，一起来学习新知识吧。

enrichKEGG_pip.r KEGG 富集分析

使用说明:

$Rscript $scriptdir/enrichKEGG_pip.r -husage: /work/my_stad_immu/scripts/enrichKEGG_pip.r [-h] -g gene.list                                                   [-d ann.db] [-t idtype]                                                   [-s show.type]                                                   [-O organism]                                                   [-p pvalueCutoff]                                                   [-q qvalueCutoff]                                                   [-c showCategory]                                                   [-n prefix] [-o outdir]                                                   [-H height] [-W width]KEGG enrich analysis : https://www..com/article/1503optional arguments:  -h, --help            show this help message and exit  -g gene.list, --gene.list gene.list                        diff expressed gene list file, required  -d ann.db, --ann.db ann.db                        org.Hs.eg.db or org.Mm.eg.db ,for more info visit:                        https://www..com/article/1244 [optional,                        default: org.Hs.eg.db ]  -t idtype, --idtype idtype                        deg gene id type: ENSEMBL SYMBOL ENTREZID GENENAME                        [optional, default: SYMBOL ]  -s show.type, --show.type show.type                        set example ID type name [optional, default: ENTREZID                        ]  -O organism, --organism organism                        organism ,for more info visit:                        https://www..com/article/787 [optional,                        default: hsa ]  -p pvalueCutoff, --pvalueCutoff pvalueCutoff                        pvalue cutoff on enrichment tests to report,                        [optional, default: 0.05 ]  -q qvalueCutoff, --qvalueCutoff qvalueCutoff                        qvalue cutoff on enrichment tests to report as                        significant. Tests must pass i) pvalueCutoff on                        unadjusted pvalues, ii) pvalueCutoff on adjusted                        pvalues and iii) qvalueCutoff on qvalues to be                        reported., [optional, default: 0.2 ]  -c showCategory, --showCategory showCategory                        how many KEGG Category to show, [optional, default: 10                        ]  -n prefix, --prefix prefix                        the output file prefix [optional, default: KEGG ]  -o outdir, --outdir outdir                        output file directory [default cwd]  -H height, --height height                        the height of pic inches [default 5]  -W width, --width width                        the width of pic inches [default 7]

参数说明：

-g 输入基因列表文件： 脚本会读取第一列基因ID作为基因集：

-d 物种注释数据库： 人的：org.Hs.eg.db

-t 指定输入基因列表的ID类型

使用举例:

Rscript $scriptdir/enrichKEGG_pip.r --gene.list $workdir/04.deg/S1_vs_S2.DEG.final.tsv \  -o KEGG -n S1_vs_S2 --pvalueCutoff 0.01 --ann.db org.Hs.eg.db --organism hsa \  --idtype SYMBOL

读到这里，这篇"R语言的enrichKEGG_pip.r如何使用"文章已经介绍完毕，想要掌握这篇文章的知识点还需要大家自己动手实践使用过才能领会，如果想了解更多相关内容的文章，欢迎关注行业资讯频道。