perl如何提取GFF中所有转录本的位置信息

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提取基因组注释文件GFF中所有基因转录本的位置信息，以及转录本对应的基因的ID：

perl代码如下：

#!/usr/bin/perl -wuse strict;use Cwd qw(abs_path getcwd);use Getopt::Long;use Data::Dumper;die "perl $0  " unless(@ARGV==2);my$gff=$ARGV[0];my%gene=();my%gene_region=();my%mRNA2Gene=();open IN,"$gff" or die "$!";open OUT ,">$ARGV[1]" or die "$!";print OUT "#mRNA_ID\tgene_ID\tchr\tstart\tend\tstrand\n";while(){chomp;next if (/^#/);my@tmp=split(/\t/);if($tmp[2] =~/^gene/){my($id)=($tmp[8]=~/ID=([^;]+)/);$gene{$id}=1;$gene_region{$id}=[$tmp[0],$tmp[3],$tmp[4],$tmp[6]];#print "gene:$id\n";#my$gene_chr->{$id}=$tmp[0];}if($tmp[2] =~/mRNA|transcript/i){my($id)=($tmp[8]=~/ID=([^;]+)/);my($pid)=($tmp[8]=~/Parent=([^;]+)/);if(exists $gene{$pid}){print OUT "$id\t$pid\t$tmp[0]\t$tmp[3]\t$tmp[4]\t$tmp[6]\n";}#print "mRNA:$id\n";}}close(IN);close(OUT);

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