如何合并不同sample的vcf文件

本篇内容介绍了"如何合并不同sample的vcf文件"的有关知识，在实际案例的操作过程中，不少人都会遇到这样的困境，接下来就让小编带领大家学习一下如何处理这些情况吧！希望大家仔细阅读，能够学有所成！

通过GATK calling出来的SNP如果使用UnifiedGenotype获得的SNP文件是分sample的，但是如果使用vcftools或者ANGSD则需要Vcf文件是multi-sample的，这里就需要我们将不同samples的文件进行合并，可以通过vcftools的perl模块进行，但是这种方式对perl的要求较高，且操作比较复杂，这里我们选择使用Bcftools，操作简便。

分三步：

1. 将vcf进行压缩，批量压缩的方法：

bgzip -c -f -@ 10 merge.vcf > merge.vcf.gz-c, --stdout            write on standard output, keep original files unchanged-f, --force             overwrite files without asking-@, --threads INT       number of compression threads to use [1]

2. 对生成的vcf.gz进行index：

bcftools index [options] |-t, --tbi            generate TBI-format index for VCF files

3.合并操作：

bcftools merge [options]   [...]-m, --merge                allow multiallelic records for , see man page for details [both]-o, --output                 write output to a file [standard output]-O, --output-type         'b' compressed BCF; 'u' uncompressed BCF; 'z' compressed VCF; 'v' uncompressed VCF [v]-l, --file-list              read file names from the file

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