TCGA如何绘制生存曲线图

小编给大家分享一下TCGA如何绘制生存曲线图，相信大部分人都还不怎么了解，因此分享这篇文章给大家参考一下，希望大家阅读完这篇文章后大有收获，下面让我们一起去了解一下吧！

生存曲线图的绘制

在单因素生存分析完成之后，可以绘制一个单因素的生存曲线图。

# 表达信息和生存数据整合到 exprSet, 其格式如下：  bcr_patient_barcode time status LINC01587 XXbac_B461K10.41        TCGA-2W-A8YY  148      0  3.981761        23.890572        TCGA-4J-AA1J  226      0 37.491171        19.638233        TCGA-BI-A0VR 1505      0 10.891560         3.630524        TCGA-BI-A0VS  925      0  3.877719        19.388595        TCGA-BI-A20A   72      0 16.789319        12.210416        TCGA-C5-A0TN  348      1  7.835572        28.73043# 针对显著性的基因绘制生成曲线my.surv <- Surv(exprSet$time, exprSet$status)# 循环遍历显著的基因for(gene in names(log_rank_p) ){  values <- exprSet[,gene]   # 基于基因的表达量，分成两个组别  group=ifelse(values>median(na.omit(values)),'high','low')  kmfit2 <- survfit(my.surv ~ group,data=exprSet)  summary(kmfit2)  ggsurvplot(kmfit2, conf.int=T, pval=TRUE, title=gene)  ggsave(paste(gene,'_survival.pdf', sep = ""),width = 10,height = 5)}

绘制完的图如下：

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