GATK Hard-filter过滤变异结果实例分析

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Hard-filter阈值探究

GATK4官网给出的推荐阈值：For SNPs:

QD < 2.0MQ < 40.0FS > 60.0SOR > 3.0MQRankSum < -12.5ReadPosRankSum < -8.0

For indels:

QD < 2.0ReadPosRankSum < -20.0InbreedingCoeff < -0.8FS > 200.0SOR > 10.0

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