PlantCircNet数据库有什么用

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PlantCircNet数据库提供了植物相关的circRNA-miRNA-gene构成的ceRNA调控网络信息，网址如下

http://bis.zju.edu.cn/plantcircnet/index.php

该数据库包含了以下8个物种的ceRNA信息

1. Arabidopsis thaliana

2. Brachypodium distachyon

3. Glycine max

4. Hordeum vulgare

5. Oryza sativa

6. Solanum lycopersicum

7. Triticum aestivum

8. Zea mays

   
   

官网包含以下几种功能

1. search

提供了多种检索方式，基本检索功能支持输入环状RNA来源基因的名字和miRNA的名称，来查询对应的ceRNA网络，示意如下

检索结果如下所示，不同形状的节点代表不同的RNA,具体的对应关系可以查看图例，点击RNA的节点可以查看该节点的详细信息

2.Browse

通过选择物种，可以查看对应的环状RNA信息，点击Details可以查看详细信息，示意如下

3. Blast

blast用于将输入的查询序列与数据库中的环状RNA序列进行比对，示意如下

4. Download

提供了环状RNA对应的gtf文件和fasta序列文件，以及ceRNA列表供下载，示意如下

该数据库是第一个植物方面的ceRNA调控网络数据库，研究植物的ceRNA可以参考该数据库。

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