r语言怎么根据共有ID横向合并表格文件

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merge_tsv_files.r 根据共有ID横向合并表格文件

使用方法：

$Rscript $scriptdir/merge_tsv_files.r -husage: /work/STAD_immu_demo1/scripts/merge_tsv_files.r [-h] -i input                                                       [input ...]                                                       [-b by [by ...]]                                                       [-t type] [-p prefix]                                                       [-o outdir]merge tsv files by rownamesoptional arguments:  -h, --help            show this help message and exit  -i input [input ...], --input input [input ...]                        input gct format file [required]  -b by [by ...], --by by [by ...]                        character vector of variable names to join by. If                        omitted,will match on all common variables.  -t type, --type type  type of join: left (default), right, inner or full  -p prefix, --prefix prefix                        output file name prefix [default demo]  -o outdir, --outdir outdir                        output file directory [default cwd]

使用说明：

-i 指定多个表格文件所在的路径

--by 两个表格共有ID所在列列名指定：

--type 合并类型，left 以最左边表格关键列的ID为准，不存在的ID会去除；inner取交集

使用举例：

Rscript $scriptdir/merge_tsv_files.r -i $workdir/metadata.tsv hclust/hclusters.tsv \  immu/estimate_score.tsv -p metadata.group  --by barcode

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